कन्फेडरेट जनरल थॉमस "स्टोनवेल" जैक्सन ने हार्पर्स फेरी, वर्जीनिया (वर्तमान वेस्ट वर्जीनिया) पर कब्जा कर लिया है, और जनरल रॉबर्ट ई। ली की सेना के रूप में कुछ 12,000 यूनियन सैनिकों ने उत्तर में मैरीलैंड का रुख किया।
सितंबर में मैरीलैंड में ली के आक्रमण के बाद हार्पर्स फेरी के अंदर संघीय गैरीसन एक संघिधत हमले के लिए असुरक्षित था। पोटोमैक नदी पर स्थित रणनीतिक शहर को बाकी सेना से काट दिया गया था। पोटेमैक की सेना के कमांडर जनरल जॉर्ज बी। मैकलेलन ने हर कीमत पर शहर पर कब्जा करने के लिए हार्पर्स फेरी गैरीसन के कमांडर जनरल जनरल डिक्सन माइल्स को भेजा। मैकक्लेन ने मदद करने का वादा किया, लेकिन उसे बाकी की संघि सेना से निपटना पड़ा।
जैक्सन ने अपनी तोपें उतारीं और 14. सितंबर को शहर को खोलना शुरू कर दिया। यैंकीस गोला-बारूद से कम थे, और मीलों ने 15 सितंबर की सुबह आत्मसमर्पण करने से पहले थोड़ा प्रतिरोध की पेशकश की। माइल्स सहायता के रूप में, जनरल जूलियन व्हाइट, सवार जैक्सन आत्मसमर्पण की शर्तों पर बातचीत करने के लिए, एक कन्फेडरेट तोप में आग लगाना जारी रखा। हार्पर्स फेरी में मारे गए अंतिम गोली से मीलों को जानलेवा रूप से घायल कर दिया गया था।
यांकियों ने 73 तोपखाने के टुकड़े, 13,000 राइफल और कुछ 12,000 पुरुषों ने हार्पर्स फेरी में आत्मसमर्पण किया। यह युद्ध का सबसे बड़ा एकल संघ आत्मसमर्पण था।
हार्पर्स फेरी के पतन ने ली को अपनी योजनाओं को बदलने के लिए मना लिया। 14 सितंबर को मैरीलैंड में साउथ माउंटेन की लड़ाई में हारपर्स फेरी के उत्तर-पूर्व में भारी नुकसान उठाने के बाद, ली ने अपनी बिखरी हुई सेना को इकट्ठा करने और वर्जीनिया लौटने का इरादा किया था। अब, हार्पर्स फेरी के साथ, उन्होंने जैक्सन को शार्प्सबर्ग, मैरीलैंड के आसपास अपने बाकी बल में शामिल होने के लिए बुलाया। दो दिन बाद, 17 सितंबर को, ली और मैक्कलीन ने एंटीटैम की लड़ाई लड़ी।
