कर्नल रॉबर्ट ई। ली ने संघ की सेना की कमान की पेशकश करने के दो दिन बाद और अपने मूल राज्य, वर्जीनिया को संघ से अलग करने के तीन दिन बाद संयुक्त राज्य की सेना से इस्तीफा दे दिया।
ली ने अलगाव का विरोध किया, लेकिन वह वर्जीनिया का एक वफादार बेटा था। उनका आधिकारिक इस्तीफा केवल एक वाक्य था, लेकिन उन्होंने उस दिन बाद में अपने दोस्त और संरक्षक जनरल विनफील्ड स्कॉट को एक लंबा स्पष्टीकरण लिखा। ली ने मैक्सिकन युद्ध (1846-48) के दौरान स्कॉट के तहत लड़ाई लड़ी थी, और उन्होंने अपने पूर्व कमांडर से अपने संघर्ष की गहराई का खुलासा किया था। ली ने 18 अप्रैल को स्कॉट के साथ बात की, और बताया कि उन्होंने तब इस्तीफा दे दिया था "लेकिन संघर्ष के लिए इसने मुझे खुद को एक ऐसी सेवा से अलग करने के लिए खर्च किया है, जिसके लिए मैंने अपने जीवन के सबसे अच्छे साल और मेरे पास जितनी क्षमता है, उसे समर्पित किया है।" ली ने अपनी 25 साल की सेवा के दौरान सेना में सभी द्वारा दिखाए गए दया के लिए आभार व्यक्त किया, लेकिन ली स्कॉट के लिए सबसे आभारी थे।"कोई भी, सामान्य रूप से, क्या मैं समान दयालुता और विचार के लिए खुद के प्रति उतना ही ऋणी हूं ..." उन्होंने इस मार्मिक भावना के साथ निष्कर्ष निकाला: "अपने मूल राज्य की रक्षा में सहेजें, मैं अपनी तलवार खींचने की फिर कभी इच्छा नहीं करता।"
लेकिन आकर्षित वह यह होगा। दो दिन बाद, ली को प्रमुख जनरल के पद के साथ वर्जीनिया की सेनाओं का कमांडर नियुक्त किया गया। उन्होंने अगले कुछ महीने वर्जीनिया में सैनिकों को बढ़ाने में बिताए, और जुलाई में उन्हें पश्चिमी वर्जीनिया में भेजा गया ताकि वे पहाड़ी क्षेत्र पर नियंत्रण बनाए रखने के लिए संघर्ष कर रहे कंफेडरेट कमांडरों को सलाह दे सकें। ली ने अपनी प्रतिष्ठा का निर्माण करने के लिए बहुत कम प्रयास किया क्योंकि संघियों ने असफलताओं की एक श्रृंखला का अनुभव किया, और जब यूनियन ने क्षेत्र पर नियंत्रण प्राप्त किया तो वह रिचमंड में लौट आए। जनरल जोसेफ जॉनसन के युद्ध में घायल होने के बाद अगले साल ली ने उत्तरी वर्जीनिया की सेना की कमान संभाली। ली ने जल्दी ही यूनियन जनरल जॉर्ज बी। मैकेलन की तालिकाओं को बदल दिया, क्योंकि वह पोटेमैक की सेना के कई अन्य कमांडर थे। एक युद्ध के मैदान के रणनीति के रूप में उनकी प्रतिभा ने उन्हें सभी समय के महान सैन्य नेताओं में जगह दी।
